《金阁寺》30年（1897年）12月28日，根据古社寺保存法，舍利殿被指定为“特别保护建筑物”，昭和4年（1929年）7月1日，基于施行的国宝保存法，被指定为国宝。明治37-39年（1904年-1906年），进行了解体修理。大正14年（1925年）10月8日，根据史迹名胜天然纪念物保存法（文化遗产保护法的前身之一），庭院被指定为史迹·名胜。昭和31年（1956年）7月19日，根据文化遗产保护法，被指定为特别史迹·特别名胜。
昭和25年（1950年）7月2日，舍利殿因为一名21岁的见习僧人林承贤放火自焚而完全烧毁，连放在殿中供奉的国宝、足利义满像也一同化为灰烬（金阁寺纵火事件）。文部省文化遗产保护委员会与京都府教育委员会进行商议，决定解除对其国宝的指定，并对其再建进行资助。作为再建费用，从政府及京都府的扶助金，到经济界及日本全国各地寄来的捐款，共约3000万日元，并于昭和27年（1952年）开工，于昭和30年（1955年）竣工。同年10月10日，举行落成仪式，复原了创建当时的姿态。
昭和61-62年（1986年-1987年），对金阁进行了“昭和大修复”，平成9年（1997年），对夕佳亭进行了解体修理。屋顶的金铜凤凰于平成11年（1999年）被指定为京都市指定文化遗产 [19] 。平成17-19年（2005年-2007年），对建筑进行了解体修理。
平成6年（1994年）12月，当寺作为构成要素之一，被登记为世界遗产（文化遗产）「古都京都的文化遗产」。
